1945-aisias, vadovaujant tuomet dar docentui, vėliau akademikui, profesoriui, Kauno medicinos instituto rektoriui Zigmui Januškevičiui, aštuoni Kauno universiteto Medicinos fakulteto jaunieji mokslininkai susibūrė į mokslinį Terapijos būrelį. 1947 metais lapkričio 26 dieną oficialiai buvo įsteigta Studentų mokslinė draugija – steigimo pasiūlymas vienbalsiai priimtas Kauno universiteto pradedančių mokslininkų susirinkime. Bėgant metams, prie SMD veiklos prisidėjo vis daugiau studentų, buvo skaitoma vis daugiau pranešimų.

1954 m. Studentų mokslinę draugiją sudarė 408 nariai, o konferencijoje buvo perskaityti net 65 pranešimai. 1957 m. SMD jau veikė daugiau kaip 10 metų, o Draugiją sudarė net 468 nariai. Surengta VIII studentų mokslinė konferencija, kurioje darbas vyko penkiose sekcijose – Bendrosios medicinos, Terapijos, Chirurgijos – akušerijos , Farmacijos ir Stomatologijos. Tuometinėje SMD veikloje dalyvavo studentai ne tik iš Kauno, bet ir Vilniaus, Rygos, Tartu, Minsko, Vitebsko, Voronežo, Kijevo, Odesos, Krymo, Leningrado, Maskvos, Tbilisio, Jerevano ir kitų universitetų. 1958 m. buvo išleistas pirmasis studentų mokslinių darbų rinkinys. Leidinys apėmė 1951–1956 m. m. SMD narių pristatytų mokslinių darbų tezes. Nuo tada po kiekvienos SMD organizuojamos konferencijos yra leidžiamos mokslinių darbų tezių knygos, kuriose aprašomi tais metais pristatyti moksliniai darbai.

1961 m. organizaciją sudarė jau 33 būreliai, o narių buvo daugiau nei 500. Tais metais daugelis mums dabar žinomų ir gerbiamų dėstytojų, praėjusių SMD „mokyklą“, turėjo mokslinius laipsnius: E. Stalioraitytė, A. Stukonis – medicinos mokslų kandidato, A. Baubinienė, J. Brėdikis, J. Danys – medicinos mokslų daktaro, profesoriaus. Kandidatines disertacijas, kurių dauguma buvo studentiškų mokslinių darbų tąsa, buvo apgynę B. Padegimas, J. Rauba, J. Blužas, A. Vitkus, A. Svygrys, V. Vaičiuvėnas, R. Stropus, A. Praškevičius, E. Tarasevičius ir kiti. Jie – vieni aktyviausi tuometinės SMD nariai. 1971 m. buvo paminėtas 25-asis SMD jubiliejus. Draugijai priklausė daugiau nei 800 SMD narių, kurie dalyvavo 36-ių mokslinių būrelių veikloje.

1989 m. SMD pirmininkas K. Balanaška, būrelių pirmininkai ir moksliniai vadovai susirinko į susitikimą – diskusiją „SMD dabartis ir perspektyvos“, kurios metu buvo nuspręsta sukurti Studentų mokslinės draugijos nuostatus, įteisinančius SMD kaip pilnateisę ir savarankišką organizaciją, ginančią ne tik SMD narių pareigas, bet ir teises.

Vis dėlto 1994 m. SMD veikla merdėjo, įstatai vis dar nebuvo sukurti. Tais metais SMD ėmėsi pirmininkauti antrakursis M. Jagminas. Iškilus grėsmei panaikinti SMD, mokslinis vadovas, pirmininkas, SMD nariai ir studentai nusprendė to neleisti. Įvyko atkuriamasis susirinkimas, kuriame buvo išrinkta SMD valdyba ir mokslinis vadovas prof. R. J. Kalesinskas. Buvo sukurtas SMD įstatų projektas. Draugijai suteiktos patalpos. Taip 1995-aisiais SMD galutinai prisikėlė iš sunkaus letargo miego. SMD tapo demokratine organizacija. Tuomet ir įvyko pirmoji šios naujai atgimusios organizacijos mokslinė konferencija. Pranešimus joje skaitė tuometinės Kauno medicinos akademijos studentai, jaunieji mokslininkai iš kitų Lietuvos aukštųjų mokyklų, svečiai iš užsienio.